即便如此，北镇抚司的强势依然是客观存在的。尤其是，当后来锦衣卫高层开始出现“文臣子弟恩荫化”倾向之后，锦衣卫的权势开始出现复苏的迹象。
如今的北镇抚司就掌握在王崇古的孙儿、高务实拐弯亲戚王之桢手里。由于东厂提督陈矩是高务实一派的，所以王之桢受到的限制也很弱，锦衣卫的权势已经显著上涨。
南镇抚司一般不负责具体行动，它在某种程度上相当于锦衣卫里的纪检委。跟北镇抚司完全不同的是，南镇抚司不负责去全国各地处理皇帝交待的案子，他们最重要的职能，就是管理锦衣卫内部的纪律问题。
早年之所以这样设置，是因为锦衣卫一家独大以后，朝中所有官员都管不了他们。这个时候如果没有权力机构约束这帮人，那他们非要上天不可。
“十七年，改锦衣卫指挥使为正三品。二十年，以治锦衣卫者多非法凌虐，乃焚刑具，出系囚，送刑部审录，诏内外狱咸归三法司，罢锦衣狱。
成祖时复置。寻增北镇抚司，专治诏狱。成化间，刻印畀之，狱成得专达，不关白锦衣，锦衣官亦不得干预。而以旧所设为南镇抚司，专理军匠。”
这里的专理军匠，指的并是“军事工匠”，它的意思就是管理内部。南镇抚司所需要做的，就是加强锦衣卫的纪律管理工作。
可以说这份工作不仅任重道远，而且特别容易得罪人。因为他们要管的人，个个都是手握重权的锦衣卫。
要知道，北镇抚司那帮人都是直接行动单位，一旦他们的工作稍有差池，不仅自身有麻烦，而且南镇抚司的这帮人也要吃不了兜着走——你们怎么管理内部的，净搞出这么些废物点心？
所以在一般情况下，南镇抚司在管理纪律方面基本就是个摆设。除非某些锦衣卫的领袖要倒台了，这帮人才会站出来说明他的各种罪状，否则他们一般只敢欺负一些小喽啰。
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