根部，对于团藏而言，是他手中的一张王牌，更是他能够左右木叶政局的秘密武器。
尽管两者都身披暗部的外衣，但它们的本质和运作却有着天壤之别。
暗部的忍者们，他们的最高领导者是火影，但这并不意味着他们只效忠于某个特定的人。
比如，当二代离世，把火影的位置传给猿飞日斩时，暗部忍者的忠诚就会自动转移到新的火影身上。
这时，上一任对暗部的影响自然也就减弱了。
暗部的行动虽然神秘，但它的目的却是公开的：就是为了保护木叶村的整体利益。
暗部忍者心中燃烧的是火之意志，他们的忠诚对象不是某个人，而是整个木叶村。
相比之下，根部的成立完全是由团藏的个人意愿决定的。
根部的成员虽然曾经宣誓要效忠于木叶，但实际上，他们真正的忠诚对象只有团藏一人，就连火影也没有权力干预根部的行为。
团藏甚至曾经指挥根部企图暗杀三代火影猿飞日斩，这一行为彻底揭示了根部实质上就是团藏的私人部队，其存在已经超越了木叶村的正常统治秩序。
简单来说，暗部和根部之间的根本区别就在于，暗部的忍者不会执行任何针对火影的背叛命令，但根部的成员却会毫不犹豫地听从团藏的指令，甚至不惜走向黑暗的深渊。
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