在九尾的肆虐与带土的入侵之中，宇智波明明拥有能够操控九尾的写轮眼，他却让其却置身事外，对逝去的生命冷漠以对，事后却反咬一口，指责九尾之乱是木叶宇智波一族的所作所为，加快了政变的步伐。
他将药师兜与药师野乃宇派遣至不同之地担任间谍，两人身心俱疲，最终他竟恩将仇报，设下残忍计谋，令二人自相残杀，野乃宇最终命丧兜手。
最可悲的是，她在生命的最后时刻，竟未意识到杀手正是她曾经最喜爱的一个孩子，只因团藏暗中更换了这些年的照片。
木叶遭受佩恩攻击时，团藏竟杀害了传令的蛤蟆，使得在外修行的鸣人无法赶来支援，他带领根的成员龟缩不出，企图让纲手承担责任，他坐收渔利，
这样的行径连他的部下都无法忍受，而在佩恩入侵之后，团藏却捞得了虚名，即将成为六代火影。
第136章森林中的战斗
在五影会谈的庄严场合，暗潮涌动之下，团藏运用止水的别天神之力，悄无声息地操控了三船，尽管青的锐利目光洞察了一切，他仍面不改色，口口声声宣称一切都是为了忍界的安宁，然而这一行为无疑是给木叶抹上了浓厚的污点。
随后，佐助的到来如同风暴般向他复仇，他竟选择携带部下逃跑。
结果呢，即使在逃生之路上也未能幸免，所有的写轮眼耗尽最后一丝力量，也未能救他于危难。
夺走了止水宝贵的写轮眼，别天神之力，团藏的行为使得宇智波与木叶之间最后的和平希望烟消云散。
鼬，再也无法维系两族之间的微妙平衡，宇智波的叛乱势在必行，而在这一切的背后，团藏却以佐助为筹码，逼迫鼬消灭宇智波一族。
但，因果循环，报应不爽，他终难逃一死，最终也死在佐助手中。
这还不包括他手臂上布满宇智波一族写轮眼的刻印，与大蛇丸一同进行着禁忌的人体实验，到处抓忍者，研究木遁之力的他，甚至将魔爪伸向了稚气未脱的孩童……
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